Problème trouvé !
Dans la database du tileset de l'une des deux maps, la case tout en haut à gauche était marquée d'un carré dans l'onglet passage (à priori sur certaine version c'est une étoile).
J'ai contacté quelqu'un qui a eu le même soucis avec une croix dans cette case. La map en elle même fonctionne parfaitement mais lors du premier passage vers une map avec une croix ou un carré dans cette case, le map link ne fonctionne pas.
La solution est donc de mettre un rond dans cette case. (à vrai je ne sais même plus pourquoi j'avais mis autre chose).